Program Pendidikan Pendidikan Kilat (Prodiklat) SMP Islam Yogyakarta dikemas dalam bentuk Pesantren Kilat Ramadhan dilaksanakan selama 3 hari pada 26, 27 dan 28 Juli 2013 dengan Tema : "Santri Berprestasi".
Ada yang berbeda pada MOS SMP Islam Yogyakarta tahun pelajaran 2013/2014, bahwa upacara pembukaan MOS dilaksanakan dengan menggunakan Bahasa Arab dan Inggris.
